Shopifyでの税金の設定と本アプリでの税金の設定が合っていないためだと思われます。 税の優先適用 の設定をされている場合、本アプリでも税の優先設定をしなければ消費税が正しく計算されません。

☆複数配送先.ampにおける税の優先設定の手順

1.　ホーム画面から対象となる税率の国を選択します。

2.　税の優先設定の追加より対象となる税率の地域を選び、税率のパーセンテージを入力して登録するをクリックします。

3.　税の優先設定の一覧から、2.で登録した設定をクリックし、

税の優先設定に税率を入力＞更新する＞優先対象のコレクションを追加するより、

税率の対象となるコレクションを選択＞追加をクリックします。